所谓诉讼时效，是指权利人在法定期间内不行使权利即丧失请求法院强制义务人履行义务的权利。它是权利人在实体权利受到损害时请求司法保护的期间，权利人所享有的权利为诉讼中的胜诉权，而非实体权利，消灭的是权利人的胜诉权，而权利人的实体权利仍然存在。诉讼时效期间是法定的，不能由当事人约定。因而，诉讼时效与保证期间是两个性质完全不同的概念。二者的区别是：
规范的目的不同。诉讼时效的目的在于通过对民事权利的限制，督促权利人行使权利，加快民事流转，维护稳定的社会交易秩序。保证期间的设定基于保证制度中平衡当事人利益的考虑，立法上向保证人斜倾以维护保证人的利益，避免债权人因怠于行使权利而加大保证人的风险。
规范的性质不同。诉讼时效制度的目的在于维持社会的现有秩序，属法律强制规范，因此当事人不得以法律行为加长或减短，也不得预先抛弃时效的适用;而保证期间可以由当事人约定。双方的区别在于，诉讼时效属法定期间，保证期间属约定期间。
起算点不同。诉讼时效起算点为权利人知道或应当知道权利被侵害之时，而保证期间自主债务履行期届满时开始起算。
法律效力不同。诉讼时效属可变期间，可因一定的法定事由而发生中止、中断或延长的法律后果，诉讼时效届满，消灭的仅是胜诉权或产生抗辩权，实体权并不因此而丧失。而保证期间在性质上属于民法理论中的除斥期间，即权利人享有某种实体权利的存续期间。期间已过，该实体权利即告消灭，消灭的是实体上的权利。保证期间届满，债权人尚未主张权利的，则保证人免除保证责任，债权人丧失的是实体权利。传统民法理论认为，除斥期间为不变期间，不因任何事由而中断、中止或延长。
保证制度中存在两个诉讼时效，一个是主债务的诉讼时效，另一个是保证债务的诉讼时效。实践中，当事人在保证合同中约定的保证期间有三种情况：一是保证期间短于诉讼时效。这种情况，只要债权人未在保证期间内主张权利，即使保证债务或主债务的诉讼时效未到期，保证人也可免除保证债务。而在连带责任保证中，若债权人在此期间内向保证人主张债权的，则保证期间提前结束而不复存在，而保证债务的诉讼时效也发生中断，重新计算，从此不受保证期间的约束。二是保证期间等于诉讼时效。如果债权人在此期间内未向保证人行使权利，则不仅丧失保证债务的胜诉权，而且保证债权的实体权也消灭。三是保证期间长于诉讼时效。如果法律允许这种约定，保证期间不仅不能发挥对诉讼时效的限缩和抑制的作用，使保证人处于随时可能承担债务的不利处境，而且等于认可当事人可以约定的方式事先排除法定的诉讼时效。
